Efter att framgångsrikt ha lyckats förstöra det globala vapenföretaget VT Industries i Norrlands djupa skogar och därefter precis undkommit Edward Kellers efterföljande hämndaktion, lever nu Yuri och de andra ungdomarna separerade från varandra med de hotfulla skuggorna från deras förflutna, ständigt hängande över sig. Samtidigt anlitas ytterligare ett nytt hot i form av specialförbandsoperatören Josef Claesson som får i uppdrag att i hemlighet jaga rätt på kvarlevorna från det förfallna VT Industries och de förädlade ungdomarna och lämna över dem till en topphemlig, nyupprättad avdelning inom den svenska Försvarsmakten.

När dessa sedan attackeras av Kellers nya, fruktade soldater ännu en gång, inser de att han är tillbaka för att avsluta det som han påbörjade för flera år sedan och ämnar nu att slutföra sin plan med kodordet Skymningsprotokollet. Lyckas Keller med sin plan, kommer världen aldrig mer att bli sig lik igen, om inte Yuri och de andra stoppar honom en gång för alla.

Skymningsprotokollet är den andra delen i bokserien Valkyria Arkiven. .