Les plantes sont bien équipées pour se défendre contre la majorité des facteurs biotiques et abiotiques nuisibles. En tant que réponse coévolutive, les plantes ont acquis la capacité de reconnaître les pathogènes virulents dès les premiers stades de l'attaque et d'opposer une réponse de défense appropriée.

Un exemple bien connu de cette défense végétale coévoluée est l'"immunité déclenchée par les effecteurs" (ETI), qui permet à la plante de reconnaître la présence ou l'activité d'effecteurs pathogènes spécifiques. L'ETI nécessite des gènes de résistance (R) dans la plante hôte qui peuvent rendre avirulents des agents pathogènes virulents spécifiques.

Bien que l'ETI procure une immunité totale contre des pathovars sélectionnés d'agents pathogènes biotrophes, les souches avirulentes subissent une pression sélective constante pour développer de nouveaux effecteurs qui ne sont plus reconnus ou qui peuvent supprimer l'ETI. Par conséquent, la protection de la maladie par des gènes R uniques n'est pas toujours durable (Boyd, 2006).

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