L'inquinamento influisce sulla qualità dell'acqua dei laghi e di altre risorse d'acqua dolce in tutto il mondo. Può assumere diverse forme e provenire da fonti industriali, agricole o municipali; alcuni esempi comuni sono i pesticidi, gli erbicidi, le acque reflue e i rifiuti.

I laghi spesso contengono alti livelli di inquinamento rispetto al paesaggio e all'ambiente circostante. Fiumi e torrenti drenano gli inquinanti dal paesaggio e li concentrano nei laghi e in altri corpi idrici.

Le specie acquatiche, come i pesci, possono avere un contenuto di contaminanti estremamente elevato, poiché alcuni inquinanti non si dissolvono e non si diluiscono facilmente nell'acqua e vengono invece assorbiti dagli organismi. Alcune specie di organismi acquatici sono particolarmente sensibili all'inquinamento; vengono utilizzate come indicatori dell'inquinamento e sono chiamate bioindicatori.

Poiché i laghi drenano un ampio paesaggio circostante, riflettono i processi e le azioni che operano intorno a loro. Quando le sostanze chimiche vengono sversate, possono defluire nei corsi d'acqua vicini ed essere trasportate a valle nei laghi.

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