Die Verschmutzung beeinträchtigt die Wasserqualität von Seen und anderen Süßwasserressourcen rund um den Globus. Sie kann viele Formen annehmen und aus industriellen, landwirtschaftlichen oder kommunalen Quellen stammen; einige gängige Beispiele sind Pestizide, Herbizide, Abwässer und Abfälle.

Seen sind im Vergleich zu den umgebenden Landschaften und der Umwelt oft stark verschmutzt. Flüsse und Bäche leiten Schadstoffe aus der Landschaft ab, wo sie sich in Seen und anderen Gewässern konzentrieren.

Wasserlebewesen wie Fische können einen extrem hohen Schadstoffgehalt aufweisen, da sich einige Schadstoffe nicht ohne Weiteres im Wasser auflösen und verdünnen, sondern von den Organismen aufgenommen werden. Einige Arten von Wasserorganismen reagieren besonders empfindlich auf Verschmutzung; sie werden als Indikatoren für Verschmutzung verwendet und als Bioindikatoren bezeichnet.

Da Seen eine große umgebende Landschaft entwässern, spiegeln sie die Prozesse und Handlungen wider, die um sie herum ablaufen. Wenn Chemikalien verschüttet werden, können sie in nahe gelegene Bäche abfließen und flussabwärts in Seen transportiert werden.

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