В этой книге рассматриваются различные аспекты вариаций SNPs/Indels в линиях потомства (Tulaipanji x Ranjit) и генетических ресурсах дикого риса Oryza rufipogon. Зародыши риса были описаны на основе морфо-физико-химических свойств, GCMS анализа, SEM зерна и крахмальных гранул.

Для поиска аллелей использована технология TILLING/Eco-TILLING, основанная на обратной генетике. Для анализа SNP и InDel вариаций и их интрогрессии в потомство F5 (P-awn и P-awnless) в данном исследовании использовался метод GBS на основе NGS (Illumina).

Общее количество идентифицированных SNP составило 52 810, а инделов - 4327. Эти варианты были неравномерно распределены по 12 хромосомам (по данным Golden Helix G Browser).

Исследование показало, что из 10013 аллелей 92,52% было интрогрессировано в P-awn из Tulaipanji и 7,485 из Ranjit, в то время как P-awnless несла 89,19% из Ranjit и 10,81% из Tulaipanji. Это связано с сегрегационным искажением.

Многие вариации SNP связаны с важными признаками. Такие как GA20-оксидаза (ген sd1), белки Argonaute и Dicer с доменом PAZ.

Fastq-файлы четырех линий риса с NCBI SRA Accession no. SRP077861, SRP077919, SRP077947 И SRP077977.

. .