Este livro trata dos vários aspectos da variação de SNPs/Indels nas linhas de descendência (Tulaipanji x Ranjit) e dos recursos genéticos do arroz selvagem Oryza rufipogon. Os germoplasmas de arroz foram descritos com base em propriedades morfo-físico-químicas, análise GCMS, SEM de grãos e grânulos de amido.

A tecnologia TILLING/Eco-TILLING baseada na genética inversa foi ilustrada para a extração de alelos. O método GBS baseado em NGS (Illumina) foi utilizado neste estudo para analisar as variações SNP e InDel e o seu padrão de introgressão nas linhas de descendência F5 (P-awn e P-awnless).

O número total de SNPs identificados foi de 52. 810 e de Indels 4327.

Estas variantes não estavam distribuídas uniformemente pelos 12 cromossomas (com base no Golden Helix G Browser). O estudo demonstrou que, de um total de 10013 alelos, 92,52% foram introduzidos em P-awn a partir de Tulaipanji e 7,485 a partir de Ranjit; em contrapartida, P-awnless transportou 89,19% de Ranjit e 10,81% de Tulaipanji.

Isto deve-se à distorção da segregação. Muitas variações SNP estão associadas a características importantes.

Tais como GA20-oxidase (gene sd1), Argonaute e proteína Dicer com domínio PAZ. Ficheiros Fastq de quatro linhas de arroz com NCBI SRA Accession no.

SRP077861, SRP077919, SRP077947 & SRP077977. .