L'ibridazione degli acidi nucleici è il processo in cui due catene singole di DNA o RNA (monofilamento) provenienti da fonti biologiche diverse, realizzano la configurazione a doppia catenaria, in base all'omologia di sequenza contingente delle due fonti, risultando ibridi DNA-DNA, RNA-RNA o DNA-RNA. Nella tecnica di genetica molecolare dell'ibridazione del DNA, singoli filamenti di DNA di due specie diverse vengono fatti unire per formare doppie eliche ibride.

Questi segmenti ibridi di DNA possono essere utilizzati per determinare la parentela evolutiva degli organismi esaminando quanto simili o dissimili siano le sequenze di coppie di basi del DNA. La tecnica dell'ibridazione del DNA si basa su due principi: il primo è che i doppi filamenti di DNA sono tenuti insieme da legami idrogeno tra coppie di basi complementari; il secondo è che più due specie sono strettamente imparentate, maggiore sarà il numero di coppie di basi complementari nel DNA ibrido.

In altre parole, il grado di ibridazione è proporzionale al grado di somiglianza tra le molecole di DNA delle due specie. .