Гибридизация нуклеиновых кислот - это процесс, в котором две одноцепочечные (моноцепочечные) ДНК или РНК из разных биологических источников образуют двойную катенарную конфигурацию, основанную на условной гомологии последовательностей двух источников, в результате чего получаются ДНК-ДНК, РНК-РНК или ДНК-РНК гибриды. В молекулярно-генетической технике гибридизации ДНК одиночным нитям ДНК из двух разных видов дают возможность соединиться друг с другом, образуя гибридные двойные спирали.

Эти гибридные сегменты ДНК можно использовать для определения эволюционного родства организмов, изучая, насколько похожи или несхожи последовательности пар оснований ДНК. Техника гибридизации ДНК основана на двух принципах: во-первых, двойные нити ДНК удерживаются вместе водородными связями между комплементарными парами оснований, а во-вторых, чем более тесно связаны два вида, тем большее количество комплементарных пар оснований будет в гибридной ДНК.

Другими словами, степень гибридизации пропорциональна степени сходства между молекулами ДНК двух видов. .