Año del Señor de 1530, Juan Bautista de Santamaría y Carranza, sobrino del arzobispo más poderoso de la cristiandad hereda una colección de joyas de su difunto padre, y entre ellas, La Peregrina, la perla más grande y codiciada del mundo. Pero la magnífica perla es sólo una parte de la herencia; en su última voluntad el padre de Juan le obliga a prometer que devolverá la perla a su legítimo dueño y le confiesa un poderoso secreto que marcará la vida de Juan.

Mientras, se ve envuelto en los asesinatos en serie de las novicias más hermosas de Toledo. La Inquisición, los moros rebeldes del Albaicín y una secta de Alumbrados que busca la joya tratarán de impedírselo.

En 1920, Almudena Loudon una joven española, deja su Sevilla natal para viajar a Londres al casarse por poderes con Charles, un botánico inglés que cultiva y cruza orquídeas. Tras la muerte de su esposo en extrañas circunstancia deberá hacerse cargo de las orquídeas en medio de las dificultades que ha generado el estallido de la II Guerra Mundial.

Un extraño personaje, Ruggiero Mapelli, se cruzará en su camino, con él se verá envuelta en una importante misión relacionada con una colección de perlas, entre las que se encuentra la de Juan. Almudena deberá completar en su tiempo lo que Juan no pudo en el suyo, dentro de una extraña conexión entre ambos personajes y una fuerte pasión por La Peregrina.

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