רבי יהונתן אייבשיץ (ה'תנ"ד, 1694 - כ"א באלול ה'תקכ"ד, 18 בספטמבר 1764) היה רב, מקובל, ראש ישיבה ודרשן. מגדולי פוסקי ההלכה ביהדות אשכנז בזמנו, ומחברם של ספרי הלכה שהמפורסם שבהם הוא ה'כרתי ופלתי'.

כיהן כרבן של קהילות אה"ולצד עיסוקו בחלק הנגלה של התורה, שהקנה לו את עיקר פרסומו, עסק גם בתורת הנסתר ואף כתב קמעות. עיסוקו זה קומם נגדו את רבי יעקב עמדין (היעב"ץ) שמצא רמזים שבתאיים בכתביו ופתח בפולמוס להחרמתו.

הרב אייבשיץ זכה לגיבוי מאת רוב רבני דורו והפולמוס דעך אם כי לא נעלם. טענותיו של היעב"ץ נגדו היו שגויותנולד בפינצ'וב שבפולין, עיר הולדתה של אמו.

משפחתו הייתה משפחה רבנית, אמו שיינדל הייתה בתו של רבי יהודה ליב צונץ רבן של האלישוי ופינצ'וב, ואביו רבי נתן נטע, שלימים היה רבה של העיר אייבשיץ (Eibenschütz) שבצ'כיה מיוחס לצאצאי האר"י, ולרבי נתן שפירא בעל "מגלה עמוקות". שכן, נתן נטע היה בנו של אשר זעליג שפירא דיין בקראקא, בן ישראל משה שפירא, בן יצחק שפירא בנם של רוזא ואברהם נתן נטע שפירא בעל "מגלה עמוקות".

שניהם נפטרו לפני מלאות לבנם חמש עשרה שניםבתקופת מץ זיהה שהמניע לעזיבת הדת בקרב רבים מיהודי האזור לא נבע במישרין מקעקוע יסודות הדת, אלא מהיסחפות בזרם החיים ובורות באשר לדרישות ההלכה. לשם כך, בצעד חריג עבור רב במעמדו כתב קיצור הלכות שבת ביידיש כדי להפיץ את תודעת ההלכה גם בקרב מי שהשכלתם לא אפשרה להם קריאה והבנה בעבריתבמשך שנות ישיבתו במץ בדק רבי יהונתן את האפשרות לקבל משרת רבנות בעיר שיש בה בית דפוס כדי שיוכל לטפל בהדפסת כתביו המוכנים לדפוס.

ב-1746 השיג מינוי כזה בקהילת פיורדא, אך אנשי קהילת מץ הצליחו לעכב אותו ובהמשך להניא אותו מתוכניתו. הוא נותר בעיר עוד ארבע שנים עד שנקרא לכהן כרבן של קהילות אה"ו - יהודי העיר המבורג והעיירות אלטונה וואנדסבק הסמוכות לה, שלימים היו לשכונות בעירבשנת ה'תק"י (1750), לאחר פטירתו של רבי יחזקאל קצינאלפוגין (ה"כנסת יחזקאל"), נבחר לכהן כרבן של קהילות אה"ו.

רבנות זו נחשבה אז לאחת המשרות החשובות והמכובדות ביותר ביהדות אשכנז. על אף חשיבותה האזרחית של המבורג הגדולה, אשר הייתה מרכז כלכלי ופיננסי, המרכז התורני של קהילות אה"ו היהודיות היה באלטונה.

גם לאחר איחוד שלוש הקהילות, נותר מושב אב בית הדין המשותף שלהן, באלטונהספר יערות דבש הוא דרשות ותוכחות מוסר שדרש הרב זצ"ל. .